۱-تاریخچه. ۲-اهداف. ۳-وظایف. ۴-ساختار. ۴.۱-هیأت امنا. ۴.۲-رؤسای پژوهشگاه. ۴.۳-حوزه ریاست. ۴.۴-معاونت پژوهش. ۴.۵-معاونت منابع انسانی و پشتیبانی. ۵-پژوهشکده‌ها و مراکز. ۵.۱-پژوهشکده تاریخ و سیره اهل بیت(ع). ۵.۲-پژوهشکده علوم و اندیشه سیاسی. ۵.۳-پژوهشکده فقه و حقوق. ۵.۴-پژوهشکده فلسفه و کلام. ۵.۵-پژوهشکده مهدویت و آینده‌پژوهی. ۵.۶-مرکز اطلاعات و مدارک اسلامی. ۵.۷-مرکز فرهنگ و معارف قرآن. ۵.۸-مرکز احیای آثار اسلامی. ۵.۹-مرکز مطالعات فرهنگی اجتماعی. ۵.۱۰-مرکز اخلاق و تربیت اسلامی. ۵.۱۱-پژوهشکده مطالعات اسلامی اصفهان. ۵.۱۲-مرکز پژوهش‌های علوم اسلامی و انسانی. ۶-گروه‌های علمی. ۷-مجلات تخصصی پژوهشگاه. ۸-طرح‌های پژوهشی. ۸.۱-دانشنامه اهل‌بیت (علیهم السلام). ۸.۲-موسوعه ها. ۸.۳-طرح‌های ویژه و کلان پروژه ها. ۸.۴-اصطلاح نامه ها. ۸.۵-فرهنگ نامه ها. ۸.۶-انوارالفقاهه. ۹-اداره کتابخانه‌ها و اسناد. ۹.۱-کتابخانه‌های عمومی. ۹.۲-کتابخانه تخصصی. ۹.۳-کتابخانه فرهنگ و معارف قرآن. ۹.۴-خانه مطبوعات. ۹.۵-اطلاع رسانی و نرم افزار کتابخانه. ۱۰-جوایز. ۱۱-پانویس. ۱۲-یادداشت. ۱۳-منابع.
